关于rna的生物合成

浅谈RNA的生物合成

核糖核酸(缩写为RNA,即Ribonucleic Acid),存在于生物细胞以及部分病毒、类病毒中的遗传信息载体。下面跟着来看看浅谈RNA的生物合成吧!希望对你有所帮助。

生物界,RNA合成有两种方式:

一是DNA指导的RNA合成,也叫转录,此为生物体内的主要合成方式。

另一种是RNA指导的RNA合成(RNA-dependent RNA synthesis),也叫RNA复制(RNA replication),由RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase)催化,常见于病毒,是逆转录病毒以外的RNA病毒在宿主细胞以病毒的单链RNA为模板合成RNA的方式。

重点内容

(一)掌握不对称转录、模板链和编码链的概念。

(二)掌握原核生物RNA聚合酶的全酶及核心酶的组成;熟悉模板与酶的辨认结合,启动子的概念。了解-35区、-10区、上游、下游序列等概念,以及两区的作用特点。

(三)熟悉原核生物的转录起始,转录的方向,原核生物的转录终止分两种方式。了解原核生物RNA合成的过程。

(四)熟悉真核生物的RNA聚合酶的分类,作用特点以及各自相应的产物;了解真核生物转录过程。

(五)掌握断裂基因、内含子、外显子的概念;

(六)熟悉真核生物mRNA,tRNA的修饰过程。

复制与转录的相同点:

①都是酶促的'核苷酸聚合过程

②以DNA为模板

③遵循碱基配对原则

④都需依赖DNA的聚合酶

⑤聚合过程都是生成磷酸二酯键

⑥新链合成方向为5’→3’

原核生物转录的模板和酶

Section1Templates and Enzymesin Prokaryotic Transcription

原核生物转录的模板

DNA分子上转录出RNA的区段,称为结构基因(structuralgene)。

转录的这种选择性称为不对称转录(asymmetric transcription),它有两方面含义:

在DNA分子双链上,一股链用作模板指引转录,另一股链不转录;

模板链并非总是在同一单链上。

全称:依赖DNA的RNA聚合酶(DDRP)。

RNA合成的化学机制与DNA聚合酶催化DNA合成相似,沿5‘→3’聚合RNA。

两种酶的异同

引物酶催化转录的RNA-pol

共同点:本质上都是一种依赖DNA的RNA聚合酶(DDRP);

催化游离的NTP聚合。

区别:①复制起始时聚合短链RNA作

为引物,以提供3ˉ-OH末端,

使子代DNA链能够延长。

②dnaG基因编码,

③对利福平不敏感转录时催化子链延长对利福平敏感

DNA聚合酶在启动DNA链延长时需要引物存在,而RNA聚合酶不需要引物就能直接启动RNA链的延长。

RNA聚合酶和DNA的特殊序列——启动子(promoter)结合后,就能启动RNA合成。原核生物中的RNA聚合酶全酶由五个亚基构成,即**(ω),分子量达480kD。

亚基能引导RNA-pol稳定的结合在DNA启动子上。

亚基存在对核心酶的构象有较大影响,能导致RNA-pol与DNA上的一般序列和启动子序列的亲和力有很大不同:

极大降低了酶与DNA一般序列的结合常数,和停留时间,同时又增加了酶与启动子的亲合力和停留时间

其他原核生物的RNA聚合酶,在结构、组成、功能上均与E.coli相似。

抗结核药利福平或利福霉素可专一性地结合RNA聚合酶的β亚基,抑制RNA合成。原核生物一个转录区段可视为一个转录单位,称为操纵子(operon),包括若干个结构基因及其上游(upstream)的调控序列。

启动子(启动序列,promoter)是RNA聚合酶结合并起动转录的特异DNA序列。启动子(promoter)是调控序列的一部分,控制转录的关键部位,决定着基因的表达强度。

原核生物RNA转录合成的过程

一、转录起始需要RNA聚合酶全酶

RNA聚合酶必须准确地结合在转录模板的起始区域。

DNA双链解开,使其中的一条链作为转录的模板。

转录起始过程:

1.RNA聚合酶全酶与模板结合,形成闭合转录复合体(closed transcription complex);

2.DNA双链局部解开,形成开放转录复合体(open transcription complex);

3.第一个NTP加入,形成转录起始复合物:

DNA双链解开的范围只有≈17bp,比复制叉小得多。

转录起始生成RNA的5’总是GTP,且保留三个磷酸基团

第一个磷酸二酯键生成后,σ亚基即从转录起始复合物上脱落,核心酶连同四磷酸二核苷酸,继续结合于DNA模板上,酶沿DNA链前移,进入延长阶段。

二、原核生物的转录延长时蛋白质的翻译也同时进行

亚基脱落,RNA–pol聚合酶核心酶变构,与模板结合松弛,沿着DNA模板前移;在核心酶作用下,NTP不断聚合,RNA链不断延长。

三、原核生物转录终止分为依赖ρ(Rho)因子与非依赖ρ因子两大类

转录终止指RNA聚合酶在DNA模板上停顿下来不再前进,转录产物RNA链从转录复合物上脱落下来。

依赖Rho(ρ)因子的转录终止

非依赖Rho因子的转录终止

(一)依赖ρ因子的转录终止

ρ因子是由相同亚基组成的六聚体蛋白质,亚基分子量46kD。

ρ因子能结合RNA,又以对polyC的结合力最强。

ρ因子还有ATP酶活性和解螺旋酶(helicase)的活性。

目前认为,ρ因子终止转录的作用是:与RNA转录产物结合,结合后ρ因子和RNA聚合酶都可发生构象变化,从而使RNA聚合酶停顿,解螺旋酶的活性使DNA/RNA杂化双链拆离,利于产物从转录复合物中释放。

(二)非依赖Rho因子的转录终止

DNA模板上靠近终止处,有些特殊的碱基序列,转录出RNA后,RNA产物形成特殊的结构来终止转录。

终止点处存在相连的富含GC的回文结构,使RNA转录产物形成发夹形的二级结构,其后又有一段寡聚U

真核生物的转录过程

真核生物的转录过程比原核复杂。二者的转录起始过程有较大区别,转录终止也不相同。

一、真核生物有三种DNA依赖性RNA聚合酶

真核生物具有3种不同的RNA聚合酶:

RNA聚合酶Ⅰ(RNAPolⅠ)RNA聚合酶Ⅱ(RNAPolⅡ)RNA聚合酶Ⅲ(RNAPolⅢ)三种RNA聚合酶均由10~12个大小不同的亚基组成,结构复杂,功能上存在差异。

真核生物RNA聚合酶Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ的结构比原核生物复杂,都由多个亚基组成。有些亚基是三种酶所共有。

所有真核生物的RNA聚合酶都有两个不同的大亚基和十几个小亚基.

mRNA是各种RNA中寿命最短、最不稳定的,需经常重新合成。因此RNA聚合酶Ⅱ是三种酶中最活跃的。

RNA聚合酶Ⅱ由12个亚基组成,其最大的亚基称为RBP1。

【拓展知识】

真核细胞rna提取的实验报告范文

一.原理

本方法利用盐酸胍抑制RNA酶,匀浆裂解细胞,采用有机溶剂抽提去除蛋白质。通过选择性沉淀RNA分子去除DNA。

二.方法

1.样品处理

⑴组织样品处理:取新鲜的组织样品称重后,剪碎成约1cm2的组织块直接加入匀浆液中进行RNA提取,或液氮中速冻-70℃保存。

⑵贴壁培养细胞处理:用PBS洗细胞一次,吸干溶液后将培养板快速移至液氮中冷冻后转到-70℃保存;或加入1ml匀浆至培养板中直接裂解细胞,然后将粘稠的裂解液进一步匀浆。

⑶悬浮培养细胞处理:离心收集细胞,用PHS悬浮漂洗再田心收集,若不立即提取RNA,则可经液氮速冻后转至一70℃贮存备用。

2.加l()倍体积盐酸胍匀浆液[至准备好的样品细胞中,高速匀浆1min。

3.匀浆液5000g,室温离心10min。

4.将上清移至一个干净离心管中,加入0.1体积的3mol/L乙酸钠(PH5.2),混匀,再加5体积预冷的乙醇,立即充分混匀,-20℃放置至少2小时。

5.5000g 0℃离心10分钟沉淀核酸,弃上清液,室温干燥。

6,每个提取RNA的组织或细胞样品中,加入l0~15min盐酸胍匀浆液Ⅱ,搅拌溶解。

7.加入2.5体积预冷的乙醇,立即充分混匀,-20℃至少放置2小时。

8.5000g 0℃离心10分钟沉淀核酸,去上清,室温挥发乙醇。

9.按每克组织细胞加5min的比例.分两次加入0.02mol/L EDTA(pH8.0) 先加1/2体积EDTA振荡l~2分钟,3000g离心2min.吸出上清.再加另一个1/2体积的EDTA振荡l一2分钟.合并两次核酸溶解液。.

10.用等体积氯仿—正丁醇(4:1)抽提核酸溶液,5000g室温离心l0min,5000g室温离心10min。吸出上清至另一个干净离心管中。

11.加3倍体积lmol/L乙酸钠 (PH7.0) 混匀,-20℃放置1h以上,此时RNA将选择地沉淀,而DNA仍为溶解状况。

12.5000g,0℃离心20min,沉于管底的是RNA。

13.吸去上清,用4℃预冷的lmol/L乙酸钠(pH7.0)漂洗RNA沉淀。然后20℃ 5000g,离心20分钟。回收RNA。

14.尽量去除上清液。按每g组织细胞1m的比例加入RNA溶解液(0.2%SDS,0.5%mol/L EDTA,pH8.0)。注意:若有SDS沉淀析出.滴加0.11mol/L NaOH调溶液pH至7.5。

15.加入2倍体积冰预冷乙醇混匀,0℃放置至少2小时,5000g,4℃离心10分钟,RNA沉淀用70%乙醇漂洗,短暂离心后,弃上清,室温干燥蒸发乙醇。

16.用适当小容积DEPC处理过的ddH2O溶解RNA沉淀,加入3倍体积乙醇,

-70℃保存RNA备用。用时.加入0.1体积的3mol/L乙酸钠,混匀,12000g,4℃离心回收RNA。

三.试剂

1.盐酸胍匀浆液Ⅰ

成分:8mol/L盐酸胍(分子量为95.6),O.1mol/L乙酸钠(pH5.2),5mmol/L 2—巯基乙醇,0.5%十二烷基肌氨酸钠

配制方法:取191g盐酸胍.加8.35m1 3mol/L乙酸钠(pH5.2)和6.25ml 0.2mol/L 2—琉基乙醇溶液中,再加水至237.5ml,混匀后加12.5ml 10%十二烷基肌氨酸钠,振荡混匀溶解。

2.盐酸胍匀浆液Ⅱ

成分:8mol/L盐酸胍(分子量力95.6),0.1mol/L乙酸钠(pH5.2),1mmol/L 2

—琉基乙醇,20mmol/L EDTA(pH8.0)

配制方法:取191g盐酸胍,加日.35ml 3mol/I。乙酸钠(pH5.2)和1.25ml 0.2mol

/L 2—巯基乙醇溶液中,再加入10ml 0.5mol/L EDTA(pH8.0)。加水至250ml混匀。

3.乙醇

4.70%乙醇

5.氯仿—正丁醇(4:l,体积比)

6.4mol/L乙醇钠,pH7.0

7.3mol/L乙醇钠,pH5.2

8.RNA溶解液

成分:O.2%SDS.0.05mol/L EDTA, pH8.0

四、说明

提取RNA时,要特别注意防止RNase的污染,所用玻璃器皿均应用0.1%的二乙基焦碳酸盐(diethyl pyrocarbonate,DEPC)处理。塑料器材均使用一次性用品,并高压灭菌处理,必要时,也可用0.1%DEPC处理。

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